Agar Puskesmas dapat menjalankan fungsinya secara optimal diperlukan adanya pengelolaan organisasi puskesmas secara baik yang meliputi kinerja pelayanan, proses pelayanan, serta sumber daya yang digunakan. Hal ini perlu dilakukan dalam rangka upaya peningkatan mutu, manajemen risiko dan keselamatan pasien di puskesmas serta menjawab kebutuhan masyarakat akan pelayanan kesehatan yang aman dan bermutu.
Akreditasi Puskesmas adalah proses penilaian eksternal oleh Komisi Akreditasi dan/atau Perwakilan di Provinsi terhadap puskesmas untuk menilai apakah system manajemen mutu dan system penyelenggaraan pelayanan dan upaya pokok sesuai dengan standar yang ditetapkan. Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 75 Tahun 2014 menjadi landasan hukum dalam penyelenggaraan Puskesmas, yang merupakan unit pelaksana teknis Dinas Kesehatan Kabupaten /Kota sebagai penanggung jawab penyelenggaraan pembangunan kesehatan di wilayah kerjanya.
Yang menilai atau mengakreditasi Puskesmas merupakan komisi yang memang sudah dilatih kusus menjadi penilai apakah sebuah puskesmas lulus akreditasi atau tidak. berdasarkan penjabarannya tujuan umum dari akreditasi Puskesmas adalah Meningkatkan mutu layanan Puskesmas. Bisa dikatakan bahwa akreditasi sebagai perbaikan dini pelayanan kesehatan yang berhadapan dengan masyarakat, karena saat ini Puskesmas masih menjadi tempat layanan umum yang disepelekan oleh masyarakat luas. Dengan adanya akreditasi akan membuat kelas Puskesmas sendiri meningkat. Bukan karena peralatannya saja, melainkan juga pelayanan kepada masyarakat dan orientasi terhadap kepuasan pelanggannya.